名称： literature-review
版本： 1.2.0
描述： 通过集成 Semantic Scholar、OpenAlex、Crossref 和 PubMed API，协助撰写文献综述。当用户需要查找特定主题的论文、获取指定 DOI 的详细信息，或起草带有规范引用的文献综述章节时使用。

文献综述助手

利用多引擎搜索集成（S2、OA、CR、PM）帮助撰写学术文献综述。

核心功能

• 多源搜索：使用 Semantic Scholar (S2)、OpenAlex (OA)、Crossref (CR) 和 PubMed (PM) 查找相关学术论文。
• 完整摘要：所有来源均返回完整摘要（PubMed 使用 efetch 获取完整 XML 记录）。
• DOI 提取：从所有来源提取 DOI，用于交叉引用和去重。
• 自动去重：当搜索多个来源（--source all 或 --source both）时，结果会自动按 DOI 去重。
• 礼貌访问：自动识别邮箱以使用 OpenAlex/Crossref 的“礼貌池”（通过 USER_EMAIL 环境变量）。
• 摘要重构：从 OpenAlex 的倒排索引格式重构摘要。
• 内容综合：按主题对论文进行分组，并根据元数据起草综述章节。

环境变量

工作流程

1. 广泛搜索（全库）

从所有主要学术数据库获取全面的概览。结果会自动按 DOI 去重。

python3 scripts/lit_search.py search "impact of glycyrrhiza on bifidobacterium" --limit 5 --source all

2. 定向搜索

• OpenAlex (oa)：快速全面，摘要质量好。
• Semantic Scholar (s2)：高质量的引文数据和 TL;DR 总结。
• Crossref (cr)：基于 DOI 的精确元数据（无摘要）。
• PubMed (pm)：生物医学研究的黄金标准，提供完整摘要和 PMID。

python3 scripts/lit_search.py search "prebiotic effects of liquorice" --source pm

3. 对比来源

同时搜索 S2 和 OA，确保无遗漏。默认进行去重。

python3 scripts/lit_search.py search "Bifidobacterium infantis growth" --source both

4. 获取详细信息（S2）

检索详细元数据，包括 TL;DR 总结。

python3 scripts/lit_search.py details "DOI:10.1016/j.foodchem.2023.136000"

5. 撰写综述

1. 提取：从找到的摘要中提取关键发现。
2. 组织：将发现按逻辑结构（如时间顺序或主题）分组。
3. 起草：采用“逐步思考”的方法，将多个来源综合成连贯的叙述。

输出格式

每条结果包含：
- id：来源特定的标识符（PubMed 为 PMID，OpenAlex ID，S2 论文 ID，Crossref 为 DOI）
- doi：可用的 DOI（用于去重）
- title：论文标题
- year：发表年份
- authors：作者姓名列表
- abstract：完整的摘要文本（如果可用）
- venue：期刊或会议名称
- citationCount：引用次数（S2, OA）
- source：结果来源的数据库

成功建议

• 引用：务必交叉核对 DOI 或 PMID，以确保参考文献的准确性。
• 筛选：关注 citationCount 较高或年份较近的论文，以获得更现代的综述。
• 医学文献用 PubMed：对于最可靠的生物医学文献，请使用 --source pm。
• 去重：多源搜索会自动移除重复项；如果需要原始计数，请使用单一来源。