openbio：访问生物学数据及计算生物学工具的 OpenBio 接口

名称： openbio
版本： 1.0.4
updated_at: 2026-02-15
描述： >
OpenBio API，用于访问生物数据和调用计算生物学工具。
适用于以下场景：(1) 查询生物数据库（PDB、UniProt、ChEMBL 等），
(2) 检索科学文献（PubMed、bioRxiv、arXiv），
(3) 运行结构预测（Boltz、Chai、ProteinMPNN），
(4) 进行通路/富集分析，
(5) 设计分子生物学实验（引物、克隆），
(6) 分析变异和临床数据，
(7) 分析和编辑质粒文件（GenBank、SnapGene）。
元数据：
tags: [生物学, 蛋白质, 基因组学, 化学, 生物信息学, 药物发现]

安装

bunx skills add https://github.com/openbio-ai/skills --skill openbio

认证

必需：设置 OPENBIO_API_KEY 环境变量。

请告知用户在以下地址创建 API 密钥：http://openbio.tech/profile#apikeys，并安全地存储在环境变量中。

如果用户尚未登录 OpenBio，请告知他们先登录 OpenBio (https://openbio.tech/auth) 创建账户，然后再创建 API 密钥。

export OPENBIO_API_KEY=你的密钥

基础 URL：https://api.openbio.tech/api/v1

版本检查（首要步骤）

使用 API 前，请先验证技能是否为最新版本：

curl -s "https://api.openbio.tech/api/v1/tools/skill-version"

此命令返回 {"skill": "openbio", "version": "X.Y.Z", ...}。请与本文档顶部的 version 字段（当前为 1.0.4）进行比较。如果 API 返回的版本更新：

bunx skills update

如果更新失败，请移除并重新安装：

bunx skills remove openbio --global -y
bunx skills add openbio-ai/skills --skill openbio --global --agent '*' -y

快速开始

# 健康检查（无需认证）
curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/tools/health"

# 列出可用工具
curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/tools" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY"

# 获取工具模式（务必先执行此步骤！）
curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/tools/{tool_name}" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY"

# 调用前验证参数（可选）
curl -X POST "https://api.openbio.tech/api/v1/tools/validate" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY" \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"tool_name": "search_pubmed", "params": {"query": "CRISPR", "max_results": 5}}'

# 调用工具
curl -X POST "https://api.openbio.tech/api/v1/tools" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY" \
  -F "tool_name=search_pubmed" \
  -F 'params={"query": "CRISPR", "max_results": 5}'

决策树：选择工具

你需要什么？
│
├─ 蛋白质/结构数据？
│   └─ 阅读 rules/protein-structure.md
│       → PDB、AlphaFold、UniProt 相关工具
│
├─ 文献检索？
│   └─ 阅读 rules/literature.md
│       → PubMed、arXiv、bioRxiv、OpenAlex
│
├─ 基因组学/变异分析？
│   └─ 阅读 rules/genomics.md
│       → Ensembl、GWAS、VEP、GEO
│
├─ 序列相似性搜索 (BLAST)？
│   └─ 阅读 rules/blast.md
│       → submit_blast, check_blast_status, get_blast_results
│
├─ 小分子分析？
│   └─ 阅读 rules/cheminformatics.md
│       → RDKit、PubChem、ChEMBL
│
├─ 克隆/PCR/组装？
│   └─ 阅读 rules/molecular-biology.md
│       → 引物设计、限制性酶切、Gibson、Golden Gate
│
├─ 质粒分析/编辑？
│   └─ 阅读 rules/plasmid.md
│       → parse_plasmid_file, edit_plasmid
│
├─ 结构预测/设计？
│   └─ 阅读 rules/structure-prediction.md
│       → Boltz、Chai、ProteinMPNN、LigandMPNN
│
├─ 通路分析？
│   └─ 阅读 rules/pathway-analysis.md
│       → KEGG、Reactome、STRING、g:Profiler (GO 富集分析)
│
└─ 临床/药物数据？
    └─ 阅读 rules/clinical-data.md
        → ClinicalTrials、ClinVar、FDA、Open Targets

关键规则

1. 务必先检查工具模式

# 在调用任何工具之前：
curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/tools/{tool_name}" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY"

参数名称可能不同（例如，可能是 pdb_ids 而不是 pdb_id）。检查模式以避免错误。

2. 长时间运行的任务（submit_* 类工具）

预测类工具会返回一个 job_id。请轮询检查其完成状态：

# 检查状态
curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/jobs/{job_id}/status" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY"

# 获取包含下载链接的结果
curl -X GET "https://api.openbio.tech/api/v1/jobs/{job_id}" \
  -H "X-API-Key: $OPENBIO_API_KEY"

3. 质量阈值

不要仅仅检索数据，还要解释它：

AlphaFold pLDDT：> 70 = 置信度高，< 50 = 无序区域
实验分辨率：< 2.5 Å 适用于结合位点分析
GWAS p 值：< 5×10⁻⁸ = 全基因组显著
Tanimoto 相似度：> 0.7 = 化合物相似

详细阈值请参阅各规则文件。

规则文件

请阅读以下文件以获取特定领域的知识：

核心 API

数据访问工具

ML 预测工具（详细）

工具类别概览

故障排除：更新技能

如果 API 返回的版本比本文档中的版本新（参见上方的版本检查），请更新你的技能。更新命令请参见顶部的版本检查部分。

常见错误

1. 未检查模式 → 参数错误。使用 POST /api/v1/tools/validate 预先检查参数。
2. 忽略质量指标 → 使用不可靠的数据
3. 工具选择错误 → 检查规则文件中的决策树
4. 未轮询任务状态 → 错过预测结果
5. 工具名称错误 → 404 响应会包含 "Did you mean?" 建议，列出相似的工具名称

提示：不确定时，可以搜索工具：GET /api/v1/tools/search?q=your_query