技能：Refua

概述

Refua 在药物发现中用于计算性地折叠和评估生物分子复合物（例如蛋白质-配体/蛋白质-蛋白质），并可选择性地进行 ADMET 分析，有助于在药物发现流程中优先确定哪些分子需要先合成和测试。

此技能运行并连接到 refua-mcp MCP 服务器，该服务器将 Refua 的“统一复合物 API”作为 MCP 工具公开，用于：
- Boltz2 复合物折叠（+ 可选的亲和力评估）
- BoltzGen 设计工作流
- 可选的 ADMET 分析（如果已安装）

Clawdbot 原生支持 MCP，因此唯一的要求是运行此 MCP 服务器并调用其工具。（github.com）

使用时机

在以下情况下使用此技能：
- 需要折叠 蛋白质-配体、蛋白质-蛋白质 或（仅折叠）DNA/RNA 复合物
- 需要估算复合物规范中特定结合剂的 结合亲和力
- 需要为一个或多个 SMILES 配体运行 ADMET 预测（如果已启用）
- 需要通过 MCP 工具调用执行计算密集型的 Refua GPU/CPU 工作流

在以下情况下不要使用此技能：
- 任务是简单的确定性计算（建议使用非机器学习工具）
- 用户期望你发明序列/SMILES（应要求用户提供输入）
- 用户请求不安全的湿实验或临床指导

安装与资源（操作员步骤）

1) 安装 Refua + refua-mcp

安装 Refua（CPU 或 CUDA 版本），然后安装 MCP 服务器包：（github.com）

• GPU 支持：
• pip install refua[cuda]
• 仅 CPU：
• pip install refua
• MCP 服务器：
• pip install refua-mcp

2) 可选：启用 ADMET

ADMET 工具支持是可选的，需要额外安装：（github.com）
- pip install refua[admet]

3) 下载模型/资源

Boltz2 和 BoltzGen 需要模型/分子资源。Refua 可以自动下载它们：（github.com）
- python -c "from refua import download_assets; download_assets()"

默认资源位置与覆盖方法：（github.com）
- Boltz2 默认使用 ~/.boltz 目录
- 如有需要，可通过工具选项 boltz.cache_dir 覆盖
- BoltzGen 默认使用捆绑的 HF 工件
- 如有需要，可通过工具选项 boltzgen.mol_dir 覆盖

运行 MCP 服务器

使用模块入口点启动服务器：（github.com）

python3 -m refua_mcp.server